用户态的内存映射机制包含以下几个部分：用户态内存映射函数 mmap，包括用它来做匿名映射和文件映射。用户态的页表结构，存储位置在 mm_struct 中。在用户态访问没有映射的内存会引发缺页异常，分配物理页表、补齐页表。如果是匿名映射则分配物理内存；如果是 swap，则将 swap 文件读入；如果是文件映射，则将文件读入。mmap 的原理在虚拟地址空间那一节 …
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Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，本文列出自己学习其官方文档的几个点，对后面计算不同样品peak相似性的脚本做了下更新和调整，使用起来更为简单方便。内容摘要区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域区域互补，如得到非基因区利用比对结果对测序广度和深度评估多样品pe …
1.什么是WebSocket？WebSocket是HTML5下一种新的协议（websocket协议本质上是一个基于tcp的协议）websocket使得客户端和服务器之间的数据交换变得更加简单，允许服务端主动向客户端推送数据。在WebSocket API中，浏览器和服务器只需要完成一次握手，两者之间就直接可以创建持久性的连接，并进行双向数据传输。2.总体过程： …
一、简述ftplibpp是一个跨平台的可以提供ftp客户端功能的C++库。它包含可以实现ftp客户端功能的类，支持所有基本的ftp功能以及一些高级功能：如恢复、fxp、ssltls加密、支持大文件或符合当今标准的日志记录等。本文讲述其在linux系统上的编译和使用。二、获取首先在github上（链接：https:github.commkulkeftplibp …
大纲1.Buffer缓冲区2.Channel通道3.BIO编程4.伪异步IO编程5.改造程序以支持长连接6.NIO三大核心组件7.NIO服务端的创建流程8.NIO客户端的创建流程9.NIO优点总结10.NIO问题总结1.Buffer缓冲区(1)Buffer缓冲区的作用(2)Buffer缓冲区的4个核心概念(3)使用Direct模式创建的Buffer缓冲区(4 …
简介perf是linux上的性能分析工具，perf可以对event进行统计得到event的发生次数，或者对event进行采样，得到每次event发生时的相关数据(cpu、进程id、运行栈等)，利用这些数据来对程序性能进行分析。perf可以统计或采样的event有很多，如果我们要分析cpu，那么我们可以使用cpu-cycles、cpu-clock来衡量占用cp …
在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 &nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 &这个代码，给我们4个提示：f …
Introduction在传统的网络服务器的构建中，IO模式会按照BlockingNon-Blocking、SynchronousAsynchronous这两个标准进行分类，其中Blocking与Synchronous基本上一个意思，而NIO与Async的区别在于NIO强调的是Polling(轮询)，而Async强调的是Notification(通知)。譬如 …
本文结合具体代码对 Linux 内核中的 device mapper 映射机制进行了介绍。Device mapper 是 Linux 2.6 内核中提供的一种从逻辑设备到物理设备的映射框架机制，在该机制下，用户可以很方便的根据自己的需要制定实现存储资源的管理策略，当前比较流行的 Linux 下的逻辑卷管理器如 LVM2（Linux Volume Manage …
前言本文将主要介绍传统的和目前流行的进程线程模型，在讲进程线程模型之前需要先介绍一种设计模式： Reactor 模式。Reactor 模式首先是事件驱动的，有一个或多个并发输入源，有一个Service Handler，有多个Request Handlers；这个Service Handler会同步的将输入的请求（Event）多路复用的分发给相应的Reques …